崇基校徽由圖案和文字組成，圖案上方為校名「崇基」二字，下方為校訓「止於至善」四字。校名與校訓之書體俱為小篆。

校徽圖案取材自唐代「大秦景教流行中國碑」之圖案（景教碑的說明詳見〈唐大秦景教流行中國碑與崇基學院校徽〉)。學院在向同學徵求校徽設計時指明須以此圖案為設計基礎，並限用校色（深棗紅與金黃 Crimson and Gold）；其後校徽設計由校董會選定，並沿用至今。

一九五四年至一九六○年 校徽外框形狀為長方形，如下圖：	一九六一年開始 校徽外框形狀改為盾形，如下圖：

崇基為基督教高等學府，校徽圖案取材自一千二百多年前之景教碑，銘記基督教來華傳教事業的開始，有數典追源，立根中華的寓意。

校徽圖案是雲朵與蓮花承托著帶火焰的十架。雲朵象徵天道，蓮花象徵純潔與完美，十架象徵基督犧牲以臻圓滿之生命境界，火焰象徵光明。圖案上的十架啟示生命圓滿的意義，正好和校訓「止於至善」（取自《大學》）之追求圓滿的精神互相契合；而蓮花純潔完美之象徵，亦與圓滿之義相應。這「圓滿」的雅集，既有圖文互釋之妙，又見不同文化融合之美。整體地看，基督精神和中國文化精神圓融無間，同時透顯出崇基一向以發揚世界文化為己任的辦學理想。崇基的校徽簡潔諧美地標示「聖潔圓滿」之境。