校歌歌詞：   南天海嵎，四方人士，同興此學府。 崇奉基督，勵志篤行，修業勤是務。 漫漫長夜，屹立明燈，使命莫辜負。 學成致用，挽救狂瀾，靈光照寰宇。   神州學術，源遠流長，數典不忘祖。 自由民主，嘉誼友邦，協力相互助。 中西結晶，增益文明，聖教宏其緒。 濟濟菁英，天降大任，至善勉同赴。

崇基校歌的音樂部份來自十九世紀的一首美國民謠Annie Lisle。Annie Lisle是美國波士頓詩人音樂家 H.S.Thompson 一八五七年的作品，兼有曲譜和歌詞。大約在一八七○年，紐約州綺色佳（Ithaca）康乃爾大學（Cornell University）兩名學生因喜愛Annie Lisle之曲調而合作填寫新詞，把這民謠改編成為校歌。因「康乃爾校歌」廣受歡迎，其後不少美國大學和中學皆採用此同一曲調作為校歌；影響所及遠至亞洲，包括燕京大學、金陵大學、東吳大學、嶺南大學以及本校在內，校歌的曲調都同樣是Annie Lisle。據維基百科所列有關學校名單， 現時全世界以Annie Lisle曲調為校歌的大學與中學總數恰為一百（二○一一年七月資料）。

崇基校歌歌詞作者謝扶雅（一八九二－一九九一）。謝扶雅為本校中文系國文及哲學特約講師（一九五二－五七），早歲先後留學日本東京高等師範大學、立教大學與美國芝加哥大學、哈佛大學；曾任嶺南、中山、金陵、東吳等大學教授（所到之處與Annie Lisle 校歌再三結緣――嶺南、金陵、東吳、崇基）；畢生致力於宗教及哲學之研究，著述不倦，有《人生哲學》、《宗教哲學》、《基督教與中國思想》、《巨流點滴》等三十餘種著作，以及《中世紀基督教思想家文選》、《康德的道德哲學》等十餘種譯作。

校歌歌詞寫於一九五二年。歌詞内容宣述創校的時代使命，並勉勵學子志學勤修，本著基督的精神與校訓「止於至善」的精神，融合中西學術，以發揚文化、匡時救世為己任。