崇基學院的禮拜堂是目前全中國公立大學校園內最早及最大的一座獨立自拔的教堂。教堂聖壇兩旁排列前中國（一九五一年前）十三間基督教大學的校徽木刻，是世界上唯一見到這十三間大學的校徽的教堂，見證崇基學院的基督教高等教育的承傳和使命感，如校歌第一節所說：
南天海嵎，四方人士，同興此學府。崇奉基督，勵志篤行，修業勤是務。
漫漫長夜，屹立明燈，使命莫辜負。學成致用，挽救狂瀾，靈光照寰宇。
