五十年代中，凌道揚院長（左三）與校董會成員於會督府討論馬料水新校建築圖則。

崇基學院校董會的歷史可追溯至一九五一年創校之初，一眾先賢組成臨時校董會，齊集會督府商討籌備建校事宜。臨時校董會決議將校名定為「崇基」，並訂於同年秋季開課。學院校董會於一九五二年正式成立，歐偉國先生（1898-1959）獲推舉為首任校董會主席。根據原有《崇基學院章程》，校董會之目標乃「以基督精神為基，確保學院按最高水平的教育效率和道德品格辦學」。

一九七六年，香港中文大學進行改制，學院校董會須改組為「書院校董會」。新校董會首次會議於一九七七年二月十一日假大會堂舉行，而第一百次校董會會議於今年五月十六日召開。校董會一直肩負著謀劃崇基發展的重任，首先在八十年代推動了「小道風山計劃」，為學院帶來豐沛資源。隨後九十年代成立了「龐萬倫基金」，提供各種獎學金和遊學交流計劃，資助同學們體藝活動，豐富他們的學習體驗。近年來，更斥資興建崇基學生發展綜合大樓，為學生提供更完善的學習環境和設施。校董會還確立了「文武雙全，德才兼備，靈性修為」的育人使命，致力於培養新一代「崇基人」。