崇基草創之初，創校先賢何明華會督 (Ronald Owen Hall 1895-1975) 十分欣賞唐朝大秦景教流行中國碑上的十字架，他表示：「我希望這從蓮花浮現的十字架和從雲中吐露的火焰，會成為崇基學院的校徽。」學院於是按該十架為藍本，於一九五三年舉辦徵求校徽圖案設計活動，並設獎金鼓勵全校同學參與提交方案。校董會選出優勝作品，並以此制訂了第一代校徽。

校徽為長方型，頂部和底部分別為小篆書寫之校名及校訓。中部為景教十架，表示福音植根中華，源遠流長。基座的蓮花傳統上有出污泥而不染之意，猶如耶穌純全聖潔，道成肉身為世人贖罪。左右祥雲自古有吉祥之意，寓意紫氣東來。十架上的火焰代表光明，基督靈光普照環宇。

一九六一年，為配合香港中文大學成立，學院優化原有校徽設計，將原本長方型設計改為盾形，使之更為美觀醒目，整個構圖完美融合中西文化，彰顯崇基繼往開來的立校精神。