崇基學院承繼中國教會大學傳統，當中與廣州嶺南大學淵源尤深。崇基前文學院院長曾昭森博士曾道：「嶺南大學是十三間基督教大學中唯一設在廣東地區的大學，學生以廣東人居大多數，教學且用粵語。所以單從地區的一點來看，嶺南與崇基的關係是特別密切的。」

崇基創校初期，不少教職員皆為原嶺南同工。例如首任院長李應林博士為嶺大校長，註冊主任謝昭杰先生為嶺大總務長；崇基校長容啟東教授、校牧龐德明牧師、經濟學系及商業管理學系系主任麥健增教授、數學系講師蘇道榮先生、國學特約講師謝扶雅先生，以及人生哲學特約講師何明華會督都曾任嶺大教授或講師。在他們胼手胝足下，初生的崇基很快便站穩陣腳。

因著李院長與嶺大之關係，紐約嶺南大學基金會答允支持崇基經費。基金會起初支付了李院長一年薪資，到六十年代更先後向學院捐款共三萬五千美元。此外，嶺大校友也樂意捐助崇基。例如嶺大忠社（一九四○年畢業生）、建築商陳德泰先生曾資助多名崇基畢業生旅費，前往英、美、加等著名學府深造。而崇基的嶺南運動場正是他當年慷慨捐資十五萬港元，並親自監督興建的項目。由此可見，崇基嶺南兩校情誼深厚。