現在同學生病，可到大學保健醫療中心看醫生。過去崇基學院也曾開設診所，當年學院遷到馬料水後，新址遠離市區，附近亦無醫藥設備，為方便校內員生就醫，學院決定籌建醫療院，並於一九五七年成立「崇基募建醫療院委員會」，師生校友共同為建院籌款。一九六○年，崇基獲世界大學服務社香港分社捐助港幣五萬元，連同之前籌得款項，學院得以開始建院工程。經歷多年努力，醫療院於一九六二年十月崇基創校十一週年紀念落成啟用。

學院對全校上下之健康相當重視，所以醫療院器材多從外國購入，醫藥充實，住院部還設新式病床六張，作隔離和觀察病人之用。醫療院門診費用全免，一九六七年起更提供牙科服務。每位新生入學，都要先到醫療院進行身體檢查。校內宿生，每年更要作兩次體檢。鑑於六十年代肺結核在港肆虐，醫療院每年都安排同學進行X光胸肺檢查及結核菌測試。而為了預防疾病，醫療院特為同學接種各類疫苗。醫療院還有醫生或護士當值，隨時應付校內緊急狀況。員生若有其他生理或心理疾病，醫療院會轉介他們到醫院或專科治療，身心需要得到全面照顧。